ศูนย์เเพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก โรงพยาบาลนครพิงค์ มหาวิทยาลัยพะเยาได้ทำบันทึกข้อตกลงความร่วมมือในการผลิตและพัฒนากำลังคน ด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพ ระหว่างกระทรวงสาธารณสุข และมหาวิทยาลัยพะเยา ลง วันที่ 28 ธันวาคม 2552 จะร่วมกันผลิต และพัฒนาบุคลากรด้านวิทยาศาสตร์-สุขภาพ สาขาต่างๆ ที่มีคุณภาพมาตรฐานให้โรงพยาบาลในสังกัดกระทรวงสาธารณสุขในการ จัดการเรียนการสอนตามหลักสูตรแพทยศาตรบัณฑิต และได้จัดตั้งศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก โดยมีโรงพยาบาลนครพิงค์ จังหวัดเชียงใหม่ และโรงพยาบาลพะเยาจังหวัดพะเยา เป็นโรงพยาบาลหลักในการร่วมผลิตบัณฑิตแพทย์
ศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก โรงพยาบาลนครพิงค์ ก่อตั้งขึ้นภายใต้โครงการผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท (the Collaborative Project to Increase Production of Rural Doctor : CPIRD) ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2556 เป็นศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิค ลำดับที่ 36 ของประเทศไทย เพื่อแก้ปัญหาการขาดแคลนแพทย์และการกระจายแพทย์ที่ไม่เหมาะสมในชนบท และได้ลงนามความร่วมมืออย่างเป็นทางการกับคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยพะเยา ในวันที่ 1 พฤษภาคม 2556 (ไฟล์บันทึกข้อตกลง)โดยจัดการเรียน การสอนชั้นปรีคลินิก ปีที่ 1-3 เรียนที่คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยพะเยา ส่วนในชั้นคลินิกปีที่ 4-6 เรียนที่ศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก โรงพยาบาลนครพิงค์ โดยศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิกโรงพยาบาลนครพิงค์ เริ่มรับนิสิตแพทย์ชั้นคลินิคในปี 2556 เป็นปีแรก จำนวน 10 คน ปัจจุบันรับนิสิตแพทย์ปีละ 26 คน
นอกจากนี้ ศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก โรงพยาบาลนครพิงค์ ผลิตแพทย์ประจำบ้านหลักสูตรหลังปริญญา 5 สาขาวิชาคือ
1.หลักสูตรผู้เชี่ยวชาญสาขาศัลยศาสตร์
2.หลักสูตรผู้เชี่ยวชาญสาขาศัลยศาสตร์ออโธปิดิกส์
3.หลักสูตรผู้เชี่ยวชาญสาขากุมารเวชศาสตร์
4. หลักสูตรผู้เชี่ยวชาญสาขาเวชศาสตร์ฉุกเฉิน
5.หลักสูตรผู้เชี่ยวชาญสาขาอายุรศาสตร์